Os custos de produção são definidos e orientados pela Teoria Geral dos Custos, na qual os divide segundo sua natureza em Custos Fixos e Custos Variáveis, que quando somados geram o Custo Total da produção.

Entretanto, antes de continuarmos com a leitura, é fundamental dizer que existem uma infinidade de metodologias de cálculo de custos de produção agropecuários, desde as que as alteram somente a nomenclatura dos indicadores até aquelas que alteram totalmente a forma de cálculo e indicadores relacionados. Assim, não existe uma correta e outras erradas. Na verdade, cada uma se aplica para a realidade em que foi criada, gerando resultados específicos.

Outro apontamento importante é que, diferentemente dos custos de produção de uma indústria, os custos de produção agropecuários não são passíveis de serem calculados com exatidão. Afinal, estamos falando sobre plantas e animais expostos às condições edafoclimáticas e sob intensa interação fisiológica, impossibilitando tal cálculo.

Veja o exemplo: calcule o custo da ração por cada litro de leite produzido por uma vaca em lactação, com idade de 36 meses, e que está com diagnóstico gestacional positivo.

Simplesmente não é possível chegarmos ao valor exato, uma vez que o animal destina parte deste consumo para sua manutenção basal, parte para produção de leite e parte para gestação. Além disso, a temperatura ambiente, o tipo e a distância das instalações irão influenciar no balanceamento desta distribuição, que por sua vez terá a oferta influenciada pela qualidade dos alimentos que compõe esta ração, assim como o próprio armazenamento do alimento pode alterá-lo, dentre outros fatores.

Os Custos Variáveis podem ser chamados também de Custos Operacionais Efetivos. São aqueles ligados aos itens de custeio da atividade, e tendem a durar somente o ciclo produtivo em que é analisado, e tende a aumentar conforme se aumenta a atividade ou a meta de produção desejada. Em caso extremo, caso não haja produção, ele pode sequer nem existir.

Este tipo de custo de produção está sob total domínio do gestor (produto rural), podendo aumentar, reduzir ou eliminar o gasto.

Exemplos de custos variáveis são: ração, sal mineralizado, medicamentos, corretivos, fertilizantes e diaristas.

Já os Custos Fixos são aqueles ligados à infraestrutura produtiva, tendendo a não se alterar em função da produção alcançada, mas sim em função do Inventário de Recursos disponível para atividade. Via de regra, seu comportamento é estável a curto e médio prazo, alterando no longo prazo, em função da vida útil dos bens em questão.

Os Custos Fixos geralmente são compostos por três indicadores, sendo o mais conhecido entre eles a Depreciação. Os outros dois, Mão de Obra (ou Prolabore do empreendedor) e o Custo de Oportunidade.

Por fim, trabalhando com a realidade em uma propriedade rural, caso se esteja analisando somente uma atividade entre todas as executadas, deve-se estar atento ao rateio conforme uso ou ocupação de área (em caso de benfeitoria). Pois, seria injusto atribuir o Custo Fixo Total de um item de inventário a uma única atividade, sendo que este mesmo item é utilizado também por outras.